医師国保でも厚生年金は必要？加入条件と保険料を解説

「医師国保に入っていれば厚生年金は不要」と思われがちですが、そうとは限りません。医師国保はあくまで健康保険の制度で、年金の加入要件は別に決まります。

医療法人や、常時5人以上の従業員を雇う個人クリニックは、健康保険と厚生年金の適用事業所です。適用事業所になっても、健康保険の適用除外承認を受ければ医師国保を続けられ、「医師国保＋厚生年金」の組み合わせになります。

2026年10月に短時間労働者の賃金要件が撤廃され、2027年10月からは企業規模要件も段階的になくなります。パートの多いクリニックでは、厚生年金の加入対象者がこれから増えていきます。

本記事では、加入条件、協会けんぽとの保険料比較、パートの適用拡大で増える負担を、院長の視点で整理します。

医師国保と厚生年金は別の制度

医師国保は健康保険の代わりになる制度のため、年金制度は含まれていません。医師国保に入っていても、年金は国民年金か厚生年金のどちらかに別に加入することになります。

医師国保（医師国民健康保険組合）は、医師とその家族、クリニックの従業員が加入する国民健康保険組合です。都道府県ごとに組合があり、医療費の給付という点では協会けんぽや市町村国保と同じ役割を担います。

どちらの年金になるかは、クリニックが社会保険の適用事業所かどうかで決まります。クリニックで働く人の健康保険と年金は、次の3パターンのどれかです。

「医師国保だから厚生年金は不要」とは限りません。適用事業所なら、厚生年金への加入が必要です。

自院はどのパターンか

社会保険（健康保険・厚生年金）が適用されるかどうかは、法人か個人か、そして従業員数で決まります。東京都医師国民健康保険組合は、法人事業所と、常時5人以上の従業員を雇う個人事業所を「強制適用事業所」としています。常時使用する従業員が4人の個人クリニックで、さらに1人を常時雇用する場合、原則として強制適用事業所になります。

従業員5人未満の個人開業でも、従業員の半数以上の同意と厚生労働大臣の認可（日本年金機構への申請）があれば、任意適用事業所になれます。個人開業の院長本人は、従業員数にかかわらず健康保険・厚生年金には入れません。医療法人なら、法人から報酬を受ける理事長も厚生年金の加入対象です。

医師国保を続けるための「適用除外承認」

適用事業所になると、健康保険は原則として協会けんぽに切り替わります。「健康保険被保険者適用除外承認申請書」を年金事務所に出して承認を受ければ、健康保険は医師国保のまま、年金だけ厚生年金に入れます。

ただし、申請には期限があります。東京都医師国保組合の案内では、適用除外承認申請書は事実の発生した日から14日以内、厚生年金の資格取得届は5日以内です。

東京都医師国民健康保険組合「健康保険適用除外について」

医師国保と協会けんぽはどっちが得か

医師国保と協会けんぽでは、保険料の決まり方と負担の仕組みが違います。

医師国保は給与額にかかわらず定額で、協会けんぽのような法定の労使折半義務はありません。以下のシミュレーションでは、クリニックによる保険料補助がない場合を想定します。

協会けんぽは、給与に応じて保険料が決まり、本人とクリニックが半分ずつ負担します。

このため「どっちが得か」は、クリニック側、スタッフ本人、勤務医で答えが変わります。以下では、東京都医師国保と協会けんぽ東京支部の令和8年度の保険料をもとに比べてみます。

保険料の決まり方

東京都医師国保の保険料月額（令和8年4月～）は、第1種組合員（医師）が40,900円、第2種組合員（看護師・医療事務などの従業員）が19,200円です。40〜64歳はそれぞれ介護保険料6,000円が加わります。

被扶養者の仕組みはなく、加入する家族1人ごとに保険料がかかります。18〜74歳の家族が月額12,800円、未就学児・小学生が月額9,500円です。

一方、協会けんぽの保険料は、標準報酬月額に料率を掛けて計算します。令和8年度の東京都の健康保険料率は9.85%で、子ども・子育て支援金率0.23%を加えた10.08%を本人とクリニックで折半します。40〜64歳は介護保険料率1.62%も加わります。扶養の要件を満たす家族は、何人いても追加の保険料はかかりません。

この違いから、給与が高いほど医師国保が有利になり、扶養家族が多いほど協会けんぽが有利になります。

① クリニック側の負担

医師国保には労使折半の義務がないので、事業主負担はありません。協会けんぽでは保険料の半分をクリニックが負担します。

クリニック負担の月額を、例として比べてみます。（東京都・40歳未満を想定。厚生年金は含みません。）

勤務医は給与が高いぶん、1人あたりの差が大きくなります。勤務医2人と従業員5人のクリニックなら、年間で約190万円の差です。

② 第1種組合員（医師）の負担

東京都医師国保の加入資格を満たす勤務医が第1種組合員として加入した場合、保険料は月額40,900円です。協会けんぽの本人負担がこれと並ぶのは、標準報酬月額81万円あたりです。境界の前後の等級で比べます。

単身の勤務医は、標準報酬月額が83万円以上なら医師国保のほうが本人負担は軽く、報酬が上がるほど差が開きます。扶養家族がいると医師国保は家族の分が加わって63,200円になり、境界は標準報酬月額125万円あたりまで上がります。扶養家族のいる勤務医は、協会けんぽのほうが軽いのが普通です。

③ 第2種組合員（看護師・医療事務等）の負担

看護師・医療事務などの従業員は第2種組合員で、保険料は月額19,200円です。協会けんぽの本人負担がこれと並ぶのは、標準報酬月額38万円です。

単身スタッフは、標準報酬月額38万円でほぼ同額になり、41万円以上なら医師国保のほうが軽くなります。逆に言えば、38万円に届かない給与帯では協会けんぽのほうが本人負担は軽く、標準報酬月額30万円なら月4,080円の差です。

扶養家族がいるスタッフは、医師国保が41,500円になり、境界は標準報酬月額82万円あたりまで上がります。従業員の給与帯では、ほとんどの場合で協会けんぽのほうが軽いと考えてよい水準です。

クリニックにとっての判断軸

クリニックの負担は医師国保のほうが軽く、高報酬で単身の勤務医にも有利ですが、扶養家族のいる医師や看護師、医療事務スタッフの負担は大きくなる傾向があります。

院長が判断するときは、自院のスタッフ構成で医師国保が不利になる人がどれだけいるかを見ることになります。その差を補助で埋めるかどうかが、次章の論点です。

東京都医師国民健康保険組合「保険料について」

全国健康保険協会「令和8年度保険料額表」

医師国保の保険料は折半するべきか

健康保険や厚生年金は法律で労使折半と決まっていますが、医師国保は国民健康保険の一種で、医師国保の保険料に、協会けんぽのような法定の労使折半義務はありません。

しかし、義務はなくても、採用や定着のために一部をクリニックが負担しているところはあります。求職者は協会けんぽ・厚生年金に入れる職場と比べるので、全額本人負担だと手取りで見劣りするからです。

東京都の例で、標準報酬20万円の単身スタッフなら、協会けんぽの本人負担は月10,080円です。医師国保を全額本人負担にすると19,200円で、月約9,000円の差が出ます。半額をクリニックが持てば本人負担は9,600円になり、協会けんぽとほぼ同じ水準です。

税務上では、従業員本人が負担すべき保険料をクリニックが負担すると、その額は原則として給与課税の対象になります。所得税基本通達でも、使用人が負担すべき社会保険料を使用者が負担した場合、その金額は給与等に該当するとされています。協会けんぽの事業主負担分（法定福利費）とは扱いが違います。負担割合を決めるときは、就業規則・給与規程への記載と税務処理を顧問税理士に確認してください。

医師国保のデメリット

院長には負担を抑えやすい医師国保ですが、スタッフから見ると不利な点が2つあります。採用や定着に関わるので、入職時に説明しておきたい内容です。

傷病手当金・出産手当金がない場合がある

協会けんぽには、病気やけがで働けないときの傷病手当金と、産前産後の休業中の出産手当金があります。医師国保では、この給付がない組合や、あっても内容が限られる組合があります。東京都医師国保の保険給付の一覧には、出産育児一時金や葬祭費はありますが、傷病手当金・出産手当金はありません。

東京都医師国民健康保険組合「保険給付」

自院での受診（自家診療）は給付の対象外

勤務先のクリニックで受けた診療を「自家診療」として、保険給付を制限している組合があります。東京都医師国保組合では、被保険者が自分または家族の所属する保険医療機関で療養を受けた場合、請求も給付もできません。自院が出した院外処方箋による調剤も対象外で、薬局での支払いは全額自己負担です。

東京都医師国民健康保険組合「自家診療について」

求人票の書き方次第では誤解を招く

求人票に「医師国保」とだけ書くと、求職者には「厚生年金に入れない職場」と読まれることがあり、採用面でデメリットとなります。条件を正しく伝えるには、次の3点を抑えておきましょう。

• ・厚生年金に加入している場合は「医師国保・厚生年金あり」と両方を明記する
• ・保険料をクリニックが負担している場合は、その内容を記載する
• ・傷病手当金などを補う独自の休業保障や、退職金制度などの福利厚生を示す

社会保険の適用拡大による影響

2026年10月から、短時間労働者の社会保険加入要件が変わりました。これまで加入条件の一つだった月額8.8万円以上の賃金要件が撤廃され、2027年10月以降は企業規模要件も段階的に引き下げられます。

医療法人や常時5人以上の従業員を雇う個人クリニックでは、これまで社会保険の対象外だったパートスタッフも、今後新たに加入対象となる可能性があります。

週20時間以上のパートも段階的に加入対象に

正社員の所定労働時間・日数の4分の3に満たないパートでも、週20時間以上勤務し、学生ではなく、2か月を超えて雇用される見込みがある場合は、企業規模に応じて社会保険の加入対象になります。

※人数は事業所の厚生年金加入対象者数を基準に判定します。医療法人の場合は法人全体で判定します。

小規模なクリニックでも、2035年10月には企業規模要件がなくなるため、週20時間以上勤務するパートが社会保険の加入対象となります。ただし、これは社会保険の適用事業所であることが前提です。従業員5人未満の個人クリニックが、この改正だけで自動的に強制適用事業所になるわけではありません。

短時間パートは医師国保に加入できない

医師国保に加入しているクリニックでは、もう一つ注意点があります。

東京都医師国保組合では、パートスタッフが第2種組合員として加入するには、所定労働時間と所定労働日数の両方が、通常の従業員の4分の3以上であることが必要です。

この条件を満たさないパートが社会保険の適用拡大によって新たに加入対象となった場合、厚生年金だけでなく、健康保険も協会けんぽへの加入が必要になると考えられます。

その場合、クリニックには厚生年金保険料に加え、協会けんぽの健康保険料の事業主負担も発生します。

医師国保への加入条件は組合によって異なるため、実際の取扱いは所属する医師国保組合と年金事務所への確認が必要です。

事業主の負担イメージ

例えば、東京都で時給1,300円・週20時間勤務のパートが、新たに協会けんぽと厚生年金に加入する場合を考えます。

標準報酬月額11万円、40歳未満のスタッフ1人あたりの事業主負担は、次のとおりです。

同じ条件のパートが5人いれば、年間約96万円の事業主負担が新たに発生する計算です。

※東京都・2026年度の保険料率による概算です。既存の医師国保保険料補助などによって実質的な増加額は変わります。労働保険料等は含みません。

また、一定の要件を満たす事業所では、新たに加入対象となる短時間労働者の本人負担を軽減するための支援制度も設けられています。

パートスタッフの多いクリニックでは、対象となる時期と人数を早めに確認し、今後の人件費や採用計画に反映しておくことが重要です。

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クリニックの福利厚生として検討したい制度

健康保険を医師国保にするか協会けんぽにするかにかかわらず、適用事業所なら厚生年金の保険料はかかります。従業員にとっても、クリニックにとっても、大きな負担となります。

ここで、並行して検討したいのが、「選択制の退職金積み立て制度」です。採用面では「企業年金制度あり」とアピールできるうえ、社会保険料（健康保険、厚生年金保険等）や税の負担を軽減し、従業員の将来への備えを支援できる福利厚生となります。また、小規模なクリニックでも導入しやすいのも大きなポイントです。

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会社の掛金負担ゼロで導入できる、中小企業向けの選択制退職金制度です。社会保険料の削減効果もあり、企業・従業員の双方にメリットがあります。

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選択制退職金制度の仕組み

選択制退職金制度は、スタッフが給与の一部を「掛金として積み立てる」か「これまでどおり給与で受け取る」かを自分で選ぶ退職金準備の仕組みです。弊社が運営を支援する「YUKINつみたてDBプラン」は1名から導入でき、経営者・役員も加入できます。

スタッフが掛金に回した部分が標準報酬月額の算定対象から外れる場合、結果として厚生年金保険料が本人・クリニックの両方で軽くなることがあります。

なお、社会保険料負担の減少に応じて、社会保障給付への影響は発生します。そのため弊社では、制度導入時には、メリットと一緒にこの影響もご説明しています。

まとめ

医師国保は健康保険の代わりで、医療法人と従業員5人以上の個人クリニックでは厚生年金への加入が別に必要です。要点は3つです。

• ・適用事業所で医師国保を続けるには、期限内の適用除外承認申請が必要
• ・東京都医師国保は定額制で、給与水準と扶養家族の有無により協会けんぽとの有利・不利が変わる
• ・短時間パートは組合の加入条件によっては医師国保に加入できず、協会けんぽの負担も生じる

社会保険の適用範囲はこれからも広がります。自院の加入パターンと将来の負担を早めに押さえ、退職金制度などの福利厚生とあわせて考えておくと、スタッフに選ばれるクリニックに近づきます。YUKINつみたてDBプランは、中小規模のクリニックでも大手並みの福利厚生を整える選択肢の一つです。